Många zoonotiska smittämnen orsakar tarminfektion hos människa och överföring sker framför allt via kontaminerat livsmedel och dricksvatten eller vid direktkontakt med djur. Exempel på vanliga sådana zoonotiska smittämnen är Campylobacter, Salmonella, verotoxinproducerande E.coli (vtec/ehec), Yersinia och Cryptosporidium. De vanligaste symtomen på sjukdom med dessa smittämnen är diarré, kräkningar och feber. Allvarligare sjukdomsbild förekommer i varierande grad.
Vid utbrott utreder ansvariga myndigheter möjliga smittkällor och spridningsvägar. Ansvariga myndigheter har tillsammans tagit fram strategier för dessa smittämnen för att minska antalet sjukdomsfall hos människa. SVA undersöker förekomsten av zoonotiska smittämnen hos djur. Forskningen omfattar även studier av hur dessa smittämnen sprids mellan djur och till människa, samt utveckling av diagnostik för att förbättra metoder att påvisa och karaktärisera smittämnena i prover från djur, foder, livsmedel och miljö.