Mobil resurs vid misstänkt farlig smitta

Vid smitta som sprids i miljön bör mikrobiologiska tester snabbt utföras för att lokalisera smittkällan, följa smittläget och vidta lämpliga åtgärder för att minska spridningen. Detta gäller vektorburna patogener som West-Nile febervirus och Sindbis virus (Ockelbosjuka) men även massdöd av fåglar med misstänkt aviär influensa eller smitta av Afrikansk svinpest bland vildsvin. Projektet ska underlätta snabb respons vid smitta genom utveckling och implementering av nya mobila tekniker för detektion och smittspårning redan i fält. Detta uppnås genom sekvensering i fält med den portabla sekvenseringsmaskinen MinION (Oxford Nanopore Technologies, UK) . Denna instrumentplattform har redan använts och testats i fält för övervakning av Dengue i Indonesien och Ebola i Guinea. I projektet ska metoder för smittor relevanta i Sverige tas fram. Projektet ska utveckla enkla robusta protokoll för att effektivt följa smittläget i sam-band med utbrott genom ett nätbaserat informationsutbyte där lokala myndigheter kan starta sekvenseringar men all sekvensdata utvärderas centralt i realtid. Projektet förankras även hos nationella myndigheter med intresse av smittspårning, SJV, FOI.