Via den fekal-orala vägen sprids smittor från miljön via foder och vatten till djur. För att en smitta som förekommer i miljön ska infektera ett djur via foder eller vatten krävs att djuret konsumerar en tillräckligt stor dos s.k. infektionsdos. Infektionsdosen varierar mellan olika mikrobiologiska faror men kan även variera mellan individer, till exempel kan mycket unga, äldre och immunsvaga individer vara mer mottagliga för infektionen. Exempelvis krävs en relativt stor dos salmonella för att infektera nötkreatur jämfört med den dos som krävs för infektion av verotoxinproducerande E. coli O157. Detta innebär att ett fåtal sjukdomsframkallande organismer i fodret inte alltid utgör en risk för det konsumerande djuret.
Hur lång tid olika mikrober överlever i miljön utanför en värd varierar beroende av typ av mikrob och en rad olika miljöfaktorer, men skiljer sig även mellan olika varianter av en och samma organismtyp.
För att minska risken för spridning av sjukdomsframkallande mikroorganismer kan naturliga riskreducerande barriärer som tid, avstånd och utspädning användas. Därtill finns behandlingsbarriärer som till exempel att upphetta material eller att blanda ammoniak eller kalk i gödselbehållare.
Introduktion av smitta
Mikrobiologiska faror kan introduceras i alla steg i foderkedjan via exempelvis spridning av förorenat naturgödsel på åkermark, jordinblandning vid skörd eller skadedjur i foderlagret. Olika mikroorganismer trivs i olika miljöer och förmågan att överleva och sprida sig i miljön varierar stort mellan de olika organismgrupperna (virus, bakterier, parasiter, mögelsvampar) men även inom en och samma grupp.
I möjligaste mån bör man undvika att faror introduceras i foderkedjan. Dock kan detta vara svårt, framförallt om faran är vanligt förekommande i omgivningen, som mögelsvampar och klostridier (bakterier som är vanligt förekommande både i jord och gödsel). Andra faror som exempelvis salmonella ses inte som vanligt förekommande i omgivningen. Salmonella utsöndras med avföringen från infekterade djur och kan spridas via till exempel spridning av gödsel, fekalier från betande djur eller via vektordjur som till exempel fåglar och råttor samt större djur som till exempel hjortdjur, vilka infekteras och sprider smittan vidare till omgivande miljö och in i foderkedjan.