Alla prognoser pekar mot att Sverige går mot ett varmare och blötare klimat. Högre vattentemperaturer är att vänta. Stigande vattentemperaturer är i sig stressande för arter som är fysiologiskt anpassade till vårt relativt kalla klimat. Stressen kan accentueras av att vattenlösligheten hos syreminskar med stigande temperaturer, det vill säga det finns risk för syrebrist.
Stigande temperaturer kan också bidra till att befintliga smittämnen får en högre överlevnad, och till att nya arter och nya sjukdomar etablerar sig i svenska vatten.
Perioderna med extrem väderlek, exempelvis hetta, torka, storm och skyfall förväntas också bli fler. Torrperioder med lägre flöden kan påverka fiskarnas vandringsmönster och försvåra vattenförsörjningen för landbaserade odlingsanläggningar. Skyfall och översvämningar kan påverka vattenkvaliteten negativt. Ett antal anpassningar kan krävas för att vidmakthålla en god djurhälsa i vattenbaserade odlingssystem.