Analysprincip
Med PCR-metoden spårar man ett smittämnes arvsmassa (deoxiribonukleinsyra, DNA eller ribonukleinsyra, RNA) genom att korta startsekvenser av DNA (på engelska "primers"), blandas med provet tillsammans med bland annat enzymet DNA-polymeras och nukleotider (DNA-byggstenar). Om smittämnet finns i provet kommer dessa startsekvenser att fästa vid två specifika punkter på smittämnets arvsmassa. Startsekvenserna fungerar sedan som startpunkter för DNA-polymeraset som kopierar den mellanliggande DNA-strängen i en temperaturberoende process till dess en tillräckligt stor mängd kopior har skapats för att de ska kunna mätas. För varje cykel fördubblas antalet kopior av DNA-strängen mellan startsekvensernas fästpunkter. Efter 40 cykler har många miljarder kopior bildats. Kopieringsprocessen sker i ett förprogrammerat temperaturprogram i en PCR-maskin. Detektionen kan ske antingen allteftersom processen fortgår med hjälp av fluorescerande ämnen eller efteråt genom att färga in den resulterande PCR-produkten med en färg som synliggörs med ultraviolett ljus. Tack vare "kopieringen" kan PCR-metoden användas för att spåra mycket små mängder av smittämne i ett prov.
Frågeställning
Förutsättningen för en PCR-analys är en bestämd frågeställning, det vill säga man måste veta vad man letar efter, eftersom startsekvenserna konstruerats för att hitta ett bestämt smittämne. Det är dock möjligt att kombinera flera PCR-analyser så att flera smittämnen kan sökas i ett och samma provmaterial. Ett exempel på detta är undersökningspaketet ”Luftvägspaket Häst” där tre olika virus kan sökas från en och samma provtagningspinne. Liknande paket finns bland annat för kastning hos häst och luftvägsproblem hos hund. När man får ett positivt resultat i en PCR-analys visar det alltså att man påvisat det sjukdomsalstrande smittämnets arvsmassa i provet, till skillnad från odling som påvisar levande virus/bakterier, eller antikropps-ELISA som påvisar kroppens immunsvar mot ett visst smittämne.